Services omiques

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Services en recherche biomédicale et sciences de la vie

Depuis 20 ans, Acobiom apporte une expertise scientifique, un savoir-faire technique unique dans les domaines de la recherche biomédicale, de la médecine translationnelle et, plus généralement, des sciences de la vie. L’objectif est le développement de nouveaux outils de diagnostic et de nouveaux traitements grâce à une approche collaborative et pluridisciplinaire, associant plusieurs technologies : génomique, transcriptomique, bioinformatique et biostatistique. 


Des services sur-mesure pour répondre aux besoins spécifiques de chaque projet

Depuis 20 ans, ACOBIOM analyse, identifie et valide des biomarqueurs omiques (ADN, ARN, miARN…) grâce à un ensemble de technologie de biologie moléculaire (séquençage, NGS, PCR en temps réel) associés à des outils bioinformatiques et biostatistiques dédiés.

L’expertise en génomique et transcriptomique et le savoir-faire de la société dans l’analyse de données Omiques permettent ainsi d’offrir une gamme de services pour identifier et/ou valider des biomarqueurs dans les domaines de la médecine translationnelle et de la recherche en sciences de la vie.

Acobiom propose ainsi de nombreux services, tels que :
> Analyse du transcriptome par séquençage (RNA-Seq),
> Séquençage de génome entier, séquençage du génome de novo, re-séquençage…
> Séquençage ciblé sur des régions d’intérêt, 
> Séquençage et analyse d’exomes,
> PCR en temps réel pour l’analyse de l’expression des gènes,
> Analyses épigénomiques : analyse du méthylome, CHIP-Seq…
> Analyses métagénomiques : profilage du microbiome…
> Génotypage / génotypage ciblé…
> Analyses microbiologiques,
> …

Pourquoi traiter avec Acobiom ?

Acobiom a développé, validé et introduit dans la pratique clinique des biomarqueurs et des diagnostics basés sur son expérience et ses technologies de pointe.

Collaborer avec Acobiom permet de bénéficier de :
– Une plateforme de biomarqueurs unique en son genre comprenant des ressources génotypiques/phénotypiques multivariées,
– Plus de 20 ans d’expériences en analyses personnalisées pour identifier et valider les biomarqueurs ARN/ADN de différents tissus et biopsies liquides,
– Un workflow scientifique et processus approuvé/validé par la pratique clinique,
– Des outils bioinformatiques et scientifiques de pointe,
– Des méthodes et processus d’analyse de biopsie liquide,
– Stratégie descendante d’identification des biomarqueurs,
– Pas d’information préalable nécessaire pour identifier de nouveaux biomarqueurs,
– Large panel d’applications santé (cancer, infection, hématologie, neurologie, inflammation…),
– Brevets sur les biomarqueurs pronostiques / signatures biomoléculaires prédictives,
– Plus de 60 publications scientifiques relatives aux biomarqueurs, diagnostics et médecine de précision.

Acobiom, organisme agréé Crédit Impôt Recherche (CIR) par le Ministère de la Recherche

Les prestations proposées par Acobiom sont éligibles au Crédit Impôt Recherche (CIR) de ses clients, le Ministère de l’Enseignement Supérieur, de la Recherche et de l’Innovation a accordé à la société l’agrément “Crédit Impôt Recherche” jusqu’à fin 2019.

Services personnalisés par approche séquentielle


Acobiom fournit des services de séquençage de nouvelle génération en utilisant la plate-forme appropriée en fonction du projet et des attentes du client.

Du conseil sur le design d’étude, en passant par l’extraction des acides nucléiques (ARN/ADN) jusqu’aux traitements bioinformatiques et à l’analyse biostatistique, Acobiom propose un pipeline complet de services décrits dans le workflow suivant :
> Conception expérimentale et plan d’analyse,
> Extraction et préparation des échantillons,
> Séquençage NGS,
> Traitements et analyses bioinformatiques,
> Analyse biostatistique, 
> Rapport et suivi.

Expression génique ou analyse du transcriptome par séquençage

Dans le domaine de la transcriptomique, Acobiom fournit des analyses basées sur l’approche de séquençage d’ARN (RNA-Seq, par exemple) pour le séquençage profond de l’ARN, supportant de multiples applications incluant l’identification de transcriptions, l’analyse de variants d’épissage et d’expression différentielle : ARN codant ou non codant, miRNA, ARN long, modification post-transcriptionnelle des ARN, épissage alternatif, dégradome…

Cette analyse de l’expression des gènes permet de déterminer dans différentes conditions quels sont les gènes exprimés dans différentes conditions et de comparer leurs niveaux d’expression.

Pour réaliser cette analyse, Acobiom réalise plusieurs étapes techniques :
> Conception expérimentale,
> Optimisation de la préparation des prélèvements et du stockage,
> Extraction et qualification des ARN,
> Préparation des bibliothèques,
> Séquençage,
> Contrôle de la qualité des données,
> Cartographie du génome de référence,
> Comparaison des séquences lus,
> Annotation des séquences,
> Aperçu des gènes exprimés, analyse, visualisation et validation statistique.

Expériences RNA-Seq

Acobiom fournit un pipeline et des algorithmes personnalisés pour l’analyse de l’expression des gènes par l’expérience RNA-Seq en fonction du projet et des attentes du client. Une présentation d’une expérience RNA-Seq est présentée ci-dessous :

Présentation d’une expérience RNA-Seq

PCR pour l’analyse des biomarqueurs

Acobiom fournit des services d’analyse de l’expression génique à l’aide de tests PCR en temps réel (RT-qPCR) personnalisés dédiés à des transcriptions ciblées ou à un panel de gènes. L’entreprise possède une grande expertise en PCR (qPCR, RT-PCR, qRT-PCR) pour fournir la solution la plus adaptée et la plus complète selon les spécifications de ses partenaires.

De la conception des amorces PCR à la sonde à hydrolyse, de l’analyse des données en passant par la préparation des échantillons, l’équipe d’Acobiom sélectionne la plate-forme PCR appropriée (Applied Biosystems, Roche Diagnostics, Fluidigm…) et la chimie (sondes à hydrolyse de type TaqMan, SyberGreen, essais multiplex, HRM…) adaptée aux besoins des clients/partenaires (RUO ou In-Vitro Diagnostic/IVD device grade).

Pour donner du sens aux données Omiques, Acobiom fournit un rapport incluant l’analyse des données brutes, la spécificité de la PCR, l’efficacité de la PCR, la répétabilité/reproductibilité du test et les informations spécifiques dédiées aux analyses fournies (selon les directives MIQE).

Pour compléter ses services d’analyse par PCR, Acobiom peut sélectionner des ensembles de biomarqueurs ARN/ADN pour des kits de diagnostic de routine grâce à la technologie PCR (qPCR, RT-PCR, qRT-PCR).

Profilage du microbiome

Acobiom réalise l’extraction d’ADN, l’amplification par PCR et le séquençage des amplicons sur la plate-forme dédiée (Illumina, etc.).

Le traitement bioinformatique des données et les différentes analyses biostatistiques permettent de caractériser les espèces bactériennes et suivre les corrélations entre l’évolution des différents genres identifiés dans les échantillons étudiés : diagramme de Venn, analyse de similitudes, analyse de similarité, utilisation de matrices de distribution de fréquence des résultats de séquençage….

Services omiques dédiés à la Cosmétique

Acobiom utilise son expertise en génomique et en pharmacogénomique pour évaluer les effets des composés naturels et synthétiques sur la peau et les changements cutanés.

La société est impliquée dans plusieurs études pour identifier ou analyser des biomarqueurs (cutanés) qui permettront de mieux comprendre et/ou de valider les effets pharmacogénomiques des produits cosmétiques, permettant de générer des actifs et des données sur la toxicité et l’efficacité.

De plus, grâce à une base de données transcriptomiques dédiée comprenant plus de 1.100 profils RNA-Seq de peau humaine, Acobiom peut assister ses clients et partenaires dans la recherche ou la validation de biomarqueurs ou de cibles afin de développer de nouvelles formulations, de nouveaux composés et produits.

Traitements bioinformatiques et biostatistiques

Des analyses dédiées et des traitements sur-mesure en bioinformatique

Face aux demandes croissantes de nouveaux outils bioinformatiques et de méthodes statistiques pour l’analyse et la gestion des quantités massives de données de séquençage, Acobiom a développé des méthodes et des outils dédiés à ces analyses génomiques et transcriptomiques. L’équipe technique a ainsi sélectionné un ensemble de logiciels et d’algorithmes adaptés à chaque traitement spécifique.

Sur la base de son expertise technique et de sa bibliothèque de programmes informatiques, la société adapte ses outils et paramètres pour répondre aux spécifications de chaque demande ou de chaque projet.

L’équipe d’Acobiom propose ainsi des pipelines et des algorithmes personnalisés pour :
> l’étude du transcriptome, comprenant l’expression de gènes (codant ou non codant) ou de variants d’épissage,
> l’étude du génome, comprenant l’analyse de génome et de métagénome, de l’exome, du méthylome ou encore du dégradome.

Pour chacune des analyses et chacune des étapes constituant ces analyses, Acobiom choisit et adapte les outils et paramètres pour répondre le plus précisément à la question biologique étudiée.

Traitements bioinformatiques d’analyse de transcriptomes par RNA-Seq

Pour l’analyse bioinformatique du transcriptome par RNA-Seq, Acobiom suit un workflow comprenant les étapes suivantes:
a/ Profilage de l’expression de gènes dans différentes conditions biologiques (cartographie sur un génome de référence annoté, comptage, normalisation, annotation des séquences),
b/ Etude des gènes exprimés et comparaison (analyses différentielles, visualisation and validation statistique).

Les services fournis comprennent :
i) Contrôle Qualité et nettoyage de séquences,
ii) Cartographie des séquences sur le génome de référence,
iii) Analyse différentielle de l’expression des gènes (gènes différentiellement exprimés ou co-exprimés).

Les livrables comprennent :
i) Séquences brutes (FASTQ),
ii) Cartographie des résultats (BAM),
iii) Tables des résultats du comptage des séquences identifiés par la cartographie ,
iv) Tables de comparaison des comptages avec annotations et analyses statistiques.

Traitements bioinformatiques d’analyse de l’exome

L’étude de l’exome correspond à l’analyse des variations génétiques de la partie codante du génome (les exons) pour une condition définie.

Pour l’analyse bioinformatique des exomes, Acobiom suit un workflow comprenant les étapes suivantes : 
a) Analyse des exons par sequençage NGS pour la détection de variants d’epissage,
b) Détection précise des InDel et SNP et des mutations SNPs.

Les services fournis comprennent :
i) Contrôle qualité et nettoyage des séquences,
ii) Cartographie des séquences sur le génome de référence,
iii) Analyse des variants par rapport à une référence ou une autre condition.

Les livrables comprennent :
i) Séquences brutes (FASTQ),
ii) Résultats de la cartographie (BAM),
iii) Tableaux de variants (VCF), annotations,
iv) Analyse statistique pour identifier les variants d’intérêt.

Traitements bioinformatiques du métagénome et du microbiome

L’analyse bioinformatique du microbiome comprend les étapes suivantes :
a) Etude de la composition microbienne d’un échantillon dans une condition donnée,
b) Nettoyage et regroupement de séquences représentatives en OTU (Operational Taxonomic Units), comptage des populations,
c) Analyse taxonomique des échantillons (détection des espèces),
d) Analyse de la population et de la diversité (diversité Alpha, Beta).

Les services fournis comprennent :
i) Contrôle de la qualité et nettoyage des séquences,
ii) Tables de regroupement et dénombrement des OTU,
iii) Fichiers de visualisation (répartition des espèces, histogrammes…).

Traitements bioinformatiques d’assemblage De Novo des génomes et transcriptomes

L’analyse bioinformatique d’assemblage De Novo de génome et de transcriptome comprend les étapes suivantes :
a) Assemblage De Novo : Assemblage d’un génome ou d’un transcriptome sans séquences de référence,
b) Nettoyage et assemblage des séquences issues du séquençage haut débit,
c) Construction des contigs (séquences génomiques continues et ordonnées générées par l’assemblage),
d) Création d’une séquence consensus,
e) Annotations des séquences,
f) Stratégie optimale, spécifiquement adaptée au type de séquençage et à l’organisme étudié.

Les services fournis comprennent :
i) Contrôle qualité et nettoyage des séquences,
ii) Fichiers de séquences (FASTA/FASTQ),
iii) Fichiers d’annotations,
iv) Aperçu statistique et proposition d’outils pour la visualisation des résultats.

Design d’étude

Acobiom accompagne ses partenaires dans le design/l’établissement du plan d’expériences de leurs études en proposant des protocoles optimisés à leurs besoins :
i) Design classique et adaptatif,
ii) Calcul de puissance et d’effectif,
iii) Rédaction du Plan d’analyse statistique (SAP),
iv) Ecriture des parties statistiques du protocole,
v) Examen du CRF,
vi) Randomisation des effectifs…

Analyse statistique & Reporting

Les analyses statistiques proposées par la société comprennent les étapes suivantes :
i) Analyse inférentielle, analyse descriptive, analyse multivariée, machine learning, clustering supervisé/non supervisé, série temporelle, géostatistique…
ii) Production de tables, listes et graphes dédiés à la communication et aux informations règlementées,
iii) Rédaction des parties statistiques de l’étude clinique, production de statistiques,
iv) Reporting statistique en adéquation avec les autorités règlementaires,
v) Rédaction ISE et ISS (Integrated Summaries of Efficacy and Safety) pour les autorités de santé.

Les services fournis comprennent :
i) Analyses d’expression différentielle croisées,
ii) Réduction de dimension,
iii) Création de classifier,
iv) Modélisation,
v) Extraction et optimisation de paramètres…

Les livrables comprennent :
i) Synthèse graphique complète et facile à interpréter pour tout type de valorisation,
ii) Synthèse analytique en adéquation avec les autorités de santé,
iii) Outil prédictif/diagnostic d’aide à la décision,
iv) Rédaction pour la valorisation scientifique/industrielle,
v) Listing de biomarqueurs validés…