Services omiques

Médecine de Précision - Biomarqueurs et Diagnostics

Services en génomique, transcriptomique et bioinformatique

Acobiom offre une vaste gamme de services omiques pour identifier et/ou valider des biomarqueurs dans les domaines de la recherche en sciences de la vie et de la médecine translationnelle. Ces services s’appuient sur une expertise scientifique, un savoir-faire unique de 20 ans en biologie moléculaire (génomique, transcriptomique) et une suite d’outils dédiés et précis en bioinformatique et biostatistique. L’objectif est de donner du sens aux données (big data) omiques générées.


Services personnalisés pour identifier les biomarqueurs par approche séquentielle

Acobiom fournit des services de séquençage de nouvelle génération en utilisant la plate-forme appropriée en fonction du projet et des attentes du client. De l’extraction des acides nucléiques (ARN/ADN) au traitement bioinformatique et à l’analyse biostatistique, Acobiom propose une gamme de services décrits dans le workflow suivant :
> Conception expérimentale et plan d’analyse,
> Extraction et préparation des échantillons,
> Séquençage NGS,
> Traitements et analyses bioinformatiques,
> Analyse biostatistique, 
> Rapport et suivi.

En transcriptomique, Acobiom fournit des analyses basées sur l’approche de séquençage d’ARN (RNA-Seq, par exemple) pour le séquençage profond de l’ARN, supportant de multiples applications incluant l’identification de transcriptions, l’analyse de variantes d’épissage et l’expression différentielle : ARN codant ou non codant, miRNA, ARN long, modification post-transcriptionnelle des ARN, épissage alternatif, dégradome…

Dans d’autres applications, l’entreprise peut fournir les analyses suivantes :
> Séquençage du génome entier, séquençage du génome de novo, re-séquençage…
> Analyse des exomes (approche de séquençage des exomes à haut débit),
> Analyse microbiologique,
> HLA-typage
> Approche de (re)-séquençage ciblé pour le séquençage en profondeur des régions d’intérêt en génomique,
> Analyses épigénomiques : analyse du méthylome, CHIP-Seq…
> Analyses métagénomiques : codes à barres…
> Génotypage / génotypage ciblé…

Expression génique ou analyse du transcriptome par séquençage

Cette analyse de l’expression des gènes permet de déterminer dans différentes conditions quels gènes sont exprimés de manière différenciée en comparant leurs niveaux d’expression.

Pour réaliser cette analyse (expression génique, profil d’expression génique), Acobiom réalise plusieurs étapes techniques :
> Conception expérimentale,
> Optimisation de la préparation des prélèvements et du stockage,
> Extraction d’ARN,
> Préparation des bibliothèques,
> Séquençage,
> Contrôle de la qualité des données,
> Cartographie du génome de référence,
> Comparaison des séquences lus,
> Annotation des séquences,
> Aperçu des gènes exprimés, analyse, visualisation et validation statistique.

Expériences RNA-Seq

Acobiom fournit un pipeline et des algorithmes personnalisés pour l’analyse de l’expression des gènes par l’expérience RNA-Seq en fonction du projet et des attentes du client. Une présentation d’une expérience RNA-Seq est présentée ci-dessous :

Présentation d’une expérience RNA-Seq

PCR pour l’analyse des biomarqueurs

Acobiom fournit des services d’analyse de l’expression génique à l’aide de tests PCR en temps réel (RT-PCR) personnalisés dédiés à des transcriptions ciblées ou à un panel génétique. L’entreprise possède une grande expertise en PCR (qPCR, RT-PCR, qRT-PCR) pour fournir la solution la plus adaptée et la plus complète selon les spécifications des partenaires.


De la conception de l’amorce ou de la sonde à l’analyse des données en passant par la préparation des échantillons, l’équipe d’Acobiom sélectionne la plateforme PCR appropriée (Applied Biosystems, Roche Diagnostics, Fluidigm…) et la chimie (sondes TaqMan, teinture d’intercalation, essais multiplex, HRM…) adaptée aux besoins des clients/partenaires (RUO ou In-Vitro Diagnostic/IVD device grade).

Pour donner du sens aux données Omiques, Acobiom fournit un rapport incluant l’analyse des données brutes, la spécificité de la PCR, l’efficacité de la PCR, la répétabilité/reproductibilité du test et les informations spécifiques dédiées aux analyses fournies (selon les directives MIQE).

Pour compléter ses services d’analyse par PCR, Acobiom peut sélectionner des ensembles de biomarqueurs ARN/ADN pour des kits de diagnostic de routine grâce à la technologie PCR (qPCR, RT-PCR, qRT-PCR).

Services omiques dédiés à la Cosmétique

Acobiom utilise son expertise en génomique et en pharmacogénomique pour évaluer les effets des composés naturels et synthétiques sur la peau et les changements cutanés.

La société est impliquée dans diverses études pour identifier ou analyser des biomarqueurs (cutanés) qui permettront de mieux comprendre et/ou valider les effets pharmacogénomiques des produits cosmétiques, permettant de générer des actifs et des données sur la toxicité et l’efficacité.

De plus, grâce à une base de données transcriptomiques dédiée comprenant plus de 1.100 profils RNA-Seq de peau humaine, Acobiom peut assister ses clients et partenaires dans la recherche ou la validation de biomarqueurs ou de cibles afin de développer de nouvelles formulations, nouveaux composés et produits.

Pourquoi traiter avec Acobiom ?

Acobiom a développé, validé et introduit dans la pratique clinique des biomarqueurs et des diagnostics basés sur son expérience et ses technologies de pointe.

Traiter et s’associer avec Acobiom apporte tous les avantages pour ses partenaires en tant que :
– Une plateforme de biomarqueurs unique en son genre comprenant des ressources génotypiques/phénotypiques multivariées,
– Plus de 20 ans d’expériences en analyses personnalisées pour identifier et valider les biomarqueurs ARN/ADN de différents tissus et biopsies liquides,
– Un workflow scientifique et processus approuvé/validé par la pratique clinique,
– Des outils bioinformatiques et scientifiques de pointe,
– Des méthodes et processus d’analyse de biopsie liquide,
– Stratégie descendante d’identification des biomarqueurs,
– Pas d’information préalable nécessaire pour identifier de nouveaux biomarqueurs,
– Large panel d’applications santé (cancer, infection, hématologie, neurologie, inflammation…),
– Brevets sur les biomarqueurs pronostiques / signature biomoléculaire prédictive,
– 60 publications scientifiques relatives aux biomarqueurs, diagnostics et médecine de précision.

Le Crédit Impôt Recherche (CIR)

Le Ministère de la Recherche et de la Technologie a accordé l’agrément “Crédit Impôt Recherche” à Acobiom jusqu’en 2019, permettant aux clients industriels de la société de comptabiliser ses services à leur Crédit Impôt Recherche.