Etude de cas

Médecine de Précision - Biomarqueurs et Diagnostics

Exemples de services fournis par Acobiom

Acobiom offre une vaste gamme de services en omique pour l’identification et/ou la validation de biomarqueurs ainsi qu’en recherche en sciences de la vie et en médecine translationnelle. Certains de ces services ont permis la découverte de nouveaux biomarqueurs, la stratification des patients dans les essais cliniques, la mesure de l’innocuité et de la tolérance de nouveaux composés, l’identification de biomarqueurs pour développer un diagnostic compagnon, la mesure des effets des nouveaux traitements par des expériences RNA-Seq, qRT-PCR, PARE sequencing…

Etude de cas des services proposés par Acobiom

Stratification des patients : Étude de cas sur la leucémie myéloïde aiguë

Une société pharmaceutique a mis au point un nouveau médicament chimique : un inhibiteur de la topoisomérase II contenant une fraction spermine qui facilite l’absorption sélective par les cellules tumorales et augmente l’intoxication par la topoisomérase II. En raison des nombreuses similitudes entre les lymphomes humains et canins, la société pharmaceutique a cherché à déterminer la tolérance, l’efficacité, les relations pharmacocinétiques/pharmacodynamiques (PC/PD) de ce nouveau médicament chimique dans le lymphome et les biomarqueurs potentiels qui pourraient être appliqués à des essais sur des hommes. Ce nouveau médicament chimique a été testé dans un essai clinique de phase I/II dans la leucémie myéloïde aiguë. Dans le cadre de ce projet, Acobiom a été mandaté pour étudier le potentiel de ce nouveau médicament chimique dans le cadre d’un essai clinique de phase III et d’une nouvelle indication clinique. Les résultats et les recommandations d’Acobiom ont permis de stratifier un sous-ensemble de patients (bons répondeurs).

Établissement du profil de sécurité et de toxicité et stratification des patients

Une société de biotechnologie étudiait l’innocuité et les effets antiviraux d’un nouveau composé anti-VIH doté d’un mécanisme unique d’inhibition de la réplication virale. Cet essai clinique était une étude randomisée, à double insu, contrôlée par placebo et à doses variables, menée auprès de patients infectés par le VIH et n’ayant jamais reçu de traitement. L’objectif principal de cette étude était d’évaluer l’innocuité et la tolérance de ce nouveau composé anti-VIH après plusieurs administrations orales chez des sujets infectés par le VIH. Dans le cadre de ce projet, cette société de biotechnologie a qualifié les biomarqueurs ARNm circulants (sang) du traitement selon les critères de sécurité et de toxicité. Acobiom a accompagné cette société de biotechnologie dans son étude de phase III au niveau technique (analyses qRT-PCR) et selon les directives des autorités de santé.

Découverte/identification de cibles : Étude de cas sur le cancer du sein

En collaboration avec une équipe scientifique impliquée dans le Syndrome de Down (DS), Acobiom a étudié de nouvelles cibles dans le cancer du sein. En effet, les caractéristiques des tumeurs malignes dans le SD sont uniques et mettent en évidence la relation entre le chromosome 21 et le cancer du sein. Seulement 2 femmes (0,7 %) atteintes de SD ont été diagnostiquées avec un cancer du sein (Chicoine B et coll., 2015 Intellect Dev Disabl). Les échantillons de sang de 2 groupes de patientes (groupe A : patientes sans cancer du sein mais présentant un Syndrome de Down ; groupe B : patientes atteintes d’un cancer du sein et présentant un SD) ont été analysés par l’approche RNA-Seq. Parallèlement, des analyses RNA-Seq ont été réalisées sur des tissus tumoraux de patientes atteintes d’un cancer du sein mais sans Syndrome de Down. L’approche d’Acobiom permet d’identifier des voies de signalisation spécifiques dans le cancer et en immunité, avec des gènes clés spécifiques.

Diagnostic compagnon : Étude de cas sur le cancer du pancréas

Au cours d’un essai clinique de phase III et à partir d’une collecte de sang total, Acobiom a identifié différents ensembles de biomarqueurs ARN associés aux différentes sous-populations de patients (répondeurs/non-répondeurs). Ces biomarqueurs ARN sanguins ont été découverts sans a priori et grâce à la plateforme génomique propriétaire de la société (combinaison des outils NGS, bioinformatique et biostatistique pour l’analyse de Big Data). Ensuite, à l’aide de la PCR en temps réel, les gènes candidats ont été sélectionnés pour la signification du test et un score basé sur l’expression génétique a été établi.

Mesurer les effets d’un nouveau traitement (sécurité : un pont translationnel entre les modèles murins et l’humain)

Une entreprise mettait au point un nouveau traitement et devait mesurer ses effets en comparant l’expression des gènes ciblés sur différents groupes de souris. L’objectif était de concevoir et de mesurer les niveaux d’expression génique de gènes-cibles au moyen d’un protocole fiable, normalisé et transférable basé sur la PCR en temps réel, conformément aux directives cliniques. Plusieurs réplicats ont été effectués. Les analyses comprenaient : l’identification et la sélection des gènes de référence, l’extraction de l’ARN à partir d’échantillons, la conception des amorces, les expériences qRT-PCR et l’analyse statistique des données produites.

Mesurer les effets du traitement sur les végétaux : Riz (Oryzae sativa) et PARE Sequencing (Degradome)

On sait que de nombreux microARNs (miARNs) sont impliqués dans la régulation du développement des plantes et des mécanismes de défense en régulant l’expression de certains gènes. Un groupe universitaire international a mis au point un nouveau traitement pour le riz (Oryzae sativa) et a révélé au cours d’une période de temps les sites de clivage de miARN et leurs gènes cibles en réponse à une infection. L’objectif était de concevoir et de cartographier l’ARN dégradant à l’aide d’un protocole de séquençage de nouvelle génération, le PARE Sequencing (Degradome), qui fournit des renseignements sur les transcriptions non plafonnées qui subissent une dégradation.

Analyse de l’expression génique d’une souche bactérienne dans plusieurs conditions (analyse RNA-Seq / identification de biomarqueurs)

Un laboratoire universitaire a mené une expérience RNA-Seq sur une souche bactérienne dans plusieurs conditions et a effectué des recherches pour analyser les données RNA-Seq obtenues. A partir des fichiers bruts des séquences et de la description de l’étude, Acobiom a réalisé l’analyse de ces données RNA-Seq (nettoyage, cartographie sur référence et comptage du niveau d’expression génique). Comme tous les gènes identifiés comme étant statistiquement différentiellement exprimés entre les conditions distinctes pouvaient être des biomarqueurs potentiels, Acobiom a effectué plusieurs analyses d’expression différentielle, croisé les résultats sur différentes méthodes afin de renforcer les résultats, et les a annotés avec des données biologiques de référence.
En résumé, le laboratoire académique a été assisté dans le traitement et l’analyse de toutes les données RNA-Seq et dans la définition des critères de sélection des biomarqueurs.

Pourquoi traiter avec Acobiom ?

Acobiom a développé, validé et introduit dans la pratique clinique des biomarqueurs et des diagnostics basés sur son expérience et ses technologies de pointe.

Traiter et s’associer avec Acobiom apporte tous les avantages pour ses partenaires en tant que :
– Une plateforme exclusive unique de biomarqueurs comprenant des ressources multivariées de génotypes/phénotypes,
– Plus de 20 ans d’expérience dans les analyses personnalisées pour identifier et valider les biomarqueurs ARN/ADN à partir de tissus et de biopsies liquides,
– Un flux de travail scientifique et de processus approuvé/validé par la pratique clinique,
– Outils de bioinformatique et de science des données à la pointe de la technologie,
– Méthodes et processus basés sur la biopsie liquide,
– Stratégie descendante pour l’identification des biomarqueurs,
– Aucune information préalable n’est requise pour identifier de nouveaux biomarqueurs,
– Large panel d’applications santé (cancer, infection, hématologie, neurologie, inflammation….),
– Brevets sur les biomarqueurs pronostiques/signature biomoléculaire prédictive,
– 60 publications scientifiques sur les biomarqueurs, le diagnostic et la médecine de précision.

Le Crédit Impôt Recherche (CIR)

Le Ministère de la Recherche et de la Technologie a accordé l’agrément “Crédit Impôt Recherche” à Acobiom jusqu’en 2019, permettant aux clients industriels de la société de comptabiliser ses services à leur Crédit Impôt Recherche.